ראשית הנפש החיים מסתייע בדברי הרא"ש שיש מושג כזה, ואשר זו כוונת התנא באבות "דבר בהן לשמן", אבל בדברי הרא"ש אין מבואר שהמושג "לשמה" המופיע בש"ס בכמה וכמה מקומות, [ובחלקם להדיא על תורה ומצוות יחד - שבזה קשה טובא להעמיס את דברי הרא"ש כי הוא להדיא מחלק בין מצוות לבין לימוד], כך פירושו, אלא זה חידוש של בעל הנפש החיים.
שנית הקושיא היא שהנפש החיים חולק על רבו, וגם לו יצויר שהגר"א ביאר אחרת מהרא"ש [ואין זה המצב וכנ"ל] דרכו של הגר"ח ללכת בשיטת רבו, ולכל הפחות להזכיר שיטתו.