התוס' שם בד''ה ר' הונא מבארים שלכו''ע מותר לעשות מום כאשר כולו נמצא בפנים ,והיכא שיצא רובו פשיטא שאסור לעשות מום שכבר נתקדש, והיכא שהתחיל העובר לצאת האם יכול לעשות מום בחלק שיצא לבחוץ התוס' תולים זאת שלמ''ד למפרע אסור [ואם רוצה לעשות מום לאחר שיצא חלק בחוץ וחלק בפנים האם מותר לעשות מום במה שבפנים דעת מהרש'א שמותר כיון שעל זה עדיין אין למפרע אבל גאב''ד בריסק ס''ל שמום בפנים אין הפירוש שמום נעשה באותו איבר אלא המום נעשה בכל הבהמה ולכן נחשב שעושה מום גם בחוץ ואסור ויתבאר לקמן]
אבל דעת הרמב''ם [לפי רוב האחרונים חוץ מדעת הב''ח בסימן שיט דס''ל שהרמבם כתוס'] שמותר לעשות מום אע''פ שהרמב''ם פוסק למפרע ובפשוטו ס''ל שכיון שחל מכאן ולהבא למפרע ממילא כהיום אין לי איסור לעשות מום .
אבל התוס' כתבו שלמ''ד למפרע אם יאמר על בכור לכשייצא שליש יהיה עולה למ''ד למפרע לא יחול העולה כיון שלמפרע הוא חל ואילו הרמב''ם פוסק שהעולה חל ,וגם בזה יש מקום ליישב שהרמב''ם ס'ל שאה''נ כלפי מה שבפנים חל העולה ולא על מה שבחוץ וכדעת הגרעק''א יובא לקמן ואילו התוס' ס''ל שלמ''ד למפרע הכל צריך להיות בכור גם מה שבפנים [אלא שאם התוס' ס''ל שהכל צריך להיות עולה צ''ב מדוע הם מוכיחים מדברי הגמרא בבכורות שהסתפקה באופן שאמר עם יציאת ראשו של הבכור יהיה עולה ומשמע שקודם יציאת רובו בוודאי שיחול עולה וזה דלא כמ''ד למפרע והלא היו צריכים להוכיח מגוף הספק הלא למ''ד למפרע פשיטא שיהיה בכור אלא שצריך ליישב שיש נפק''מ כלפי הבפנים האם הוא עולה או לא ולכן מעצם הספק אין סתירה למ''ד למפרע ולכן הוצרכו לדיוק ואם נימא שהתוס' ס''ל שהכל בכור ביו יכולים להקשות מגוף הספק ואכמ''ל].
ובחידושי מרן רי''ז הלוי פ''ד הט''ו מהלכות בכורות ביאר בדעת הרמב''ם פלוגתת רבה ור' הונא האם למפרע או מכאן ולהבא שיש שתי שלבים פטר רחם שמחיל עליו דין ותורת בכור ויש עוד ענין שהוא קדושת הגוף ,והפלוגתא האם למפרע הוא קדוש או לא שלמ''ד למפרע כל חלק וחלק שיוצא למפרע חל בו דין פטר רחם שחל בו דין בכור אפילו שלא חל קדושה באותה שעה והקדושה תחול רק לכשייצא רוב ואילו למ''ד מכאן ולהבא ביציאת הרוב יחול גם דין פטר רחם וגם הקדושה באין כאחד,וביאור דברי הגמרא לפי''ז שאם מכר לגוי למ''ד למפרע לאו כלום היא אין הכוונה כמו שרש''י פירש שהקדושה חלה למפרע ומפקיעה את רשות הגוי אלא הקדושה לא חלה אלא הפטר רחם חל למפרע ובאותה שעה נקבע דין הבכור שלו וממילא כיון שבשעה שנפטר הרחם היה שייך לישראל זה השעה שקובעת לחיוב בכורה ומילא מה שימכור אח''כ לגוי המכירה חלה אלא שכבר חל על הבהמה תורת בכור
ולפי''ז ביאר היטב דברי הרמב''ם שמותר לעשות מום כאשר העובר התחיל לצאת כיון שחל עליו רק תורת בכור אבל קדושה עדיין לא חלה עליו והאיסור לעשות מום הוא מחמת הפקעת הקדושה וכיון שכאן עדיין לא חלה הקדושה מותרר לעשות מום ומה שהרמב''ם ס''ל שהעולה תחול כיון שקדושה''ג של בכור עדיין לא חלה.[וע''ע גרי''ז סטנסיל בכורות לח.].
ובחזו''א חולין סימן ריד מבואר דרך אחרת ביישוב דעת הרמב''ם שבאמת הלמפרע בסוגיין הוא איננה קדושה ממש אלא שכבר התחילה מצוות בכור ואינו יכול להקדשי ואיננו בעלים למכור לגוי ולהפקיע תורת קדושה ומביא כעי''ז מהגמרא חולין קלט שאם הגביה האם כשהיא על הבנים והקדישה הקדש לא חל כיון שחל עליו חיוב של המצווה דשילוח הקן וה''ה הכא אבל כיון שזה עדיין לא קדוש יכול להשליכו לכלבים וכן מבואר דעת הרמב''ם שיכול לעשות מום שהאיסור לעשות מום הוא הקדושה בפועל [ ומבאר שזהוי כוונת התוס' כאן לחלק בין מכירה לשאר ענינים שלענין מכירה אינו בעלים להפקיע משא''כ מום ועדיין צריך לבאר החילוק בין מכירה להשלכה לכלבים ואולי כיון שהשלכה לכלבין אי'ז הפקעה מהמצווה אלא מהמציאות ואילו מכירה לגוי הויא הפקעה מהמצווה]
אבל דעת הרמב''ם [לפי רוב האחרונים חוץ מדעת הב''ח בסימן שיט דס''ל שהרמבם כתוס'] שמותר לעשות מום אע''פ שהרמב''ם פוסק למפרע ובפשוטו ס''ל שכיון שחל מכאן ולהבא למפרע ממילא כהיום אין לי איסור לעשות מום .
אבל התוס' כתבו שלמ''ד למפרע אם יאמר על בכור לכשייצא שליש יהיה עולה למ''ד למפרע לא יחול העולה כיון שלמפרע הוא חל ואילו הרמב''ם פוסק שהעולה חל ,וגם בזה יש מקום ליישב שהרמב''ם ס'ל שאה''נ כלפי מה שבפנים חל העולה ולא על מה שבחוץ וכדעת הגרעק''א יובא לקמן ואילו התוס' ס''ל שלמ''ד למפרע הכל צריך להיות בכור גם מה שבפנים [אלא שאם התוס' ס''ל שהכל צריך להיות עולה צ''ב מדוע הם מוכיחים מדברי הגמרא בבכורות שהסתפקה באופן שאמר עם יציאת ראשו של הבכור יהיה עולה ומשמע שקודם יציאת רובו בוודאי שיחול עולה וזה דלא כמ''ד למפרע והלא היו צריכים להוכיח מגוף הספק הלא למ''ד למפרע פשיטא שיהיה בכור אלא שצריך ליישב שיש נפק''מ כלפי הבפנים האם הוא עולה או לא ולכן מעצם הספק אין סתירה למ''ד למפרע ולכן הוצרכו לדיוק ואם נימא שהתוס' ס''ל שהכל בכור ביו יכולים להקשות מגוף הספק ואכמ''ל].
ובחידושי מרן רי''ז הלוי פ''ד הט''ו מהלכות בכורות ביאר בדעת הרמב''ם פלוגתת רבה ור' הונא האם למפרע או מכאן ולהבא שיש שתי שלבים פטר רחם שמחיל עליו דין ותורת בכור ויש עוד ענין שהוא קדושת הגוף ,והפלוגתא האם למפרע הוא קדוש או לא שלמ''ד למפרע כל חלק וחלק שיוצא למפרע חל בו דין פטר רחם שחל בו דין בכור אפילו שלא חל קדושה באותה שעה והקדושה תחול רק לכשייצא רוב ואילו למ''ד מכאן ולהבא ביציאת הרוב יחול גם דין פטר רחם וגם הקדושה באין כאחד,וביאור דברי הגמרא לפי''ז שאם מכר לגוי למ''ד למפרע לאו כלום היא אין הכוונה כמו שרש''י פירש שהקדושה חלה למפרע ומפקיעה את רשות הגוי אלא הקדושה לא חלה אלא הפטר רחם חל למפרע ובאותה שעה נקבע דין הבכור שלו וממילא כיון שבשעה שנפטר הרחם היה שייך לישראל זה השעה שקובעת לחיוב בכורה ומילא מה שימכור אח''כ לגוי המכירה חלה אלא שכבר חל על הבהמה תורת בכור
ולפי''ז ביאר היטב דברי הרמב''ם שמותר לעשות מום כאשר העובר התחיל לצאת כיון שחל עליו רק תורת בכור אבל קדושה עדיין לא חלה עליו והאיסור לעשות מום הוא מחמת הפקעת הקדושה וכיון שכאן עדיין לא חלה הקדושה מותרר לעשות מום ומה שהרמב''ם ס''ל שהעולה תחול כיון שקדושה''ג של בכור עדיין לא חלה.[וע''ע גרי''ז סטנסיל בכורות לח.].
ובחזו''א חולין סימן ריד מבואר דרך אחרת ביישוב דעת הרמב''ם שבאמת הלמפרע בסוגיין הוא איננה קדושה ממש אלא שכבר התחילה מצוות בכור ואינו יכול להקדשי ואיננו בעלים למכור לגוי ולהפקיע תורת קדושה ומביא כעי''ז מהגמרא חולין קלט שאם הגביה האם כשהיא על הבנים והקדישה הקדש לא חל כיון שחל עליו חיוב של המצווה דשילוח הקן וה''ה הכא אבל כיון שזה עדיין לא קדוש יכול להשליכו לכלבים וכן מבואר דעת הרמב''ם שיכול לעשות מום שהאיסור לעשות מום הוא הקדושה בפועל [ ומבאר שזהוי כוונת התוס' כאן לחלק בין מכירה לשאר ענינים שלענין מכירה אינו בעלים להפקיע משא''כ מום ועדיין צריך לבאר החילוק בין מכירה להשלכה לכלבים ואולי כיון שהשלכה לכלבין אי'ז הפקעה מהמצווה אלא מהמציאות ואילו מכירה לגוי הויא הפקעה מהמצווה]