וזה מה שאמר עליו הגר"ע יוסף זצ"ל:
"כל כך אני התפעלתי שביום פטירתו, כפי שסיפרו לי, נכנסה רעייתו אליו בשעה שהוא יושב ולומד, והוא אמר להם: היום אני נפטר. הודיע להם מראש. הוא ידע שהוא נפטר. נכנסה רעייתו בשעה שתים-עשרה בלילה, ראתה אותו וספר פתוח לפניו, יושב ולומד, לא הפריעה לו, עזבה אותו. בשעה שתיים, וכבר נפטר. עד סמוך לפטירתו, "עד זיבולא בתרייתא", ישב ועסק בתורה. זה גדולה. זה מיתת נשיקה. זו לא מיתה רגילה. ישב ועסק בתורה עד שעת פטירתו. זה מראה את גדולתו... מה שאני יכול לומר על הרב המנוח, "צַר לִי עָלֶיךָ אָחִי [...] נָעַמְתָּ לִּי מְאֹד" (שמ"ב א,כו). היינו כל כך באהבה ואחווה. הכל בכבוד ובדרך ארץ. חבל על דאבדין ולא משתכחין".
ועוד, בכנס לזכרו של הגר"י קאפח זצ"ל בשנת תשס"ג (הביא דבריו הרב אברהם חמאמי במבוא לשו"ת הריב"ד, ירושלים תשס"ט, עמ' 34): "לא לחנם זיכה אותו הקב"ה למיתה כזו, לא כל אחד זוכה לזה... עד השעה האחרונה יושב ולומד תורה, איפה יש דבר כזה, עד הרגע האחרון לא כהתה עינו ולא נס ליחו. בשעה שתים עשרה בלילה יושב ולומד ספרים פתוחים לפניו. אני כל פעם ששומע את זה, כל פעם שזוכר את זה, כל גופי רועד, מי יודע ה' יזכנו למיתה כזו, כמו שאמר לו הקב"ה למשה רבנו: "כאשר מת אהרן אחיך" (דברים לב,נ) – מיתת נשיקה. לא כל אחד זוכה לכך".
וכן הגרי"ש אלישיב אמר לאיזה מחרחר ריב שניסה למשוך אותו בלשונו, שלא ידוע לו שמהר"י קאפח הוא "דרדעי".
וכך סיפר אותו מחרחר ריב:
"שאלתי אז את הגרי"ש אלישיב זצ"ל על חרם זה. הוא ענה לי, מי שעדיין מחזיק בכפירה בקבלה, פסול לעדות ולכל דבר. אי אפשר להשתמש בו לעד קידושין וכדומה, כי הוא פסול. אמרתי לו, אבל זה גם בלי החרם, הדבר לא קשור לחרם. אמר לי, אכן נכון, גם בלי חרם. שאלתיו, ומה נעשה בזמנינו? הרי יש אנשים שהם בספק, וישנם המסתירים זאת. שאלתי אותו במפורש, הרי כבודו ישב בבי"ד בירושלם עם מישהו שהיה כזה, מפורסם היה שהוא כזה רק שהוא הסתיר זאת. ענה לי, אינני יודע, לא ידענו מכך. [הבחנתי שהוא נבוך ומצטער על כך, כי בינתיים נודע לו]". עכ"ל.
וכמובן שאת התוספות בסוגריים מרובעות הוסיף אותו מחרחר ריב שמטרתו היתה להשמיץ, אבל הגרי"ש אמר בפשטות, אינני יודע, לא ידענו מכך.