מקור המנהג הוא על פי המדרש בבראשית רבה (פרשה מח) אשר בשעה שמל אברהם אבינו את ילידי ביתו העמיד גבעת הערלות, וזרחה עליהם חמה והתליעו, ועלה ריחם לפני ה’ כקטורת וכעולה שכולה לאישים, אמר הקב"ה בשעה שיהיו בני באים לידי עבירות, אני זוכר להם הריח הזה ואתמלא עליהם רחמים, וכתב בשבלי הלקט (בענין המילה אות ד שם) בשם רבי בנימין אחיו שאותו המדרש שריח הערלות בא לניחוח לפני ה’ כקטורת, הוא המקור והיסוד למנהג מה שמריחין הדס בעת המילה.
ונזכר מנהג זה בשולחן ערוך רס"ה א, [אף שלא הובא כלל בבית יוסף], ולא זכיתי להבין אם היה חשש הפסק מדוע לא הזכירו מרן הבית יוסף ?