נולד בעיר העתיקה, לרב בן-ציון אטון, מרבני ישיבת פורת יוסף[דרוש מקור] ולאסתריא. בצעירותו למד בישיבת פורת יוסף, וכן מספר שנים בישיבת מרכז הרב (בין היתר אצל הרב צבי יהודה קוק). נישא לקלרה, בתו של הרב יוסף חיים שרבני, שהיה גם חותנו של הרב בן-ציון אבא-שאול. לזוג נולדו שני בנים ושתי בנות. לאחר נישואיו התמנה לרב שכונת מלחה. בשנת ה'תשי"ז מונה למנהל רוחני בישיבת פורת יוסף. נהג לשלוח תלמידים מהישיבה להפיץ תורה בבתי כנסיות[1]. נודע בשיחות המוסר שלו[2]. בשנת תשי"ט נפטרה בפתאומיות קלרה אשתו, בגיל 26[3]. לאחר כמה שנים נישא בשנית לבתו של הרב חדד. באותה שנה, ייסד את ישיבת "ראשית חכמה", על שם ספרו של רבי אליהו די וידאש, ועמד בראשה. בניין הישיבה היה בשכונת מקור ברוך, ובהמשך היא עברה לרחוב הרב בן-ציון אטון, שנקרא על שמו של אביו, בשכונת סנהדריה. נכון ל-2018 מונה הישיבה כ-140 בחורים[4]. מונה לחבר מועצת חכמי התורה של תנועת ש"ס כשהוקמה[5]. ערך את כתב העת התורני בהלכה ובאגדה "משואות". נפטר ב-10 בפברואר2006 י"ב בשבט ה'תשס"ו ונקבר בבית הקברות סנהדריה. בי"ב בשבט ה'תשס"ח הוכנס להיכל ישיבת "ראשית חכמה" ספר תורה לעילוי נשמתו. בין תלמידיו הרב בן-ציון מוצפי, ראש ישיבת "בני ציון".
משפחתו
בתו תמר, נשואה לרב שלמה חנניה - רב קהילות עליית בית חנניה.
בנו הרב בן-ציון, ממלא מקומו בראשות ישיבת "ראשית חכמה"
בתו כוכבית, נשואה לרב שמעון זיאת, משגיח בישיבת "ראשית חכמה"
בנו עקיבא, מנכ"ל חברת "יובל ירדן" וממקימי עיתון הדרך[6]
כתביו
רוח חכמה - ליקוט על התנ"ך, הש"ס וסדר התפילה, ירושליםה'תשע"א