עיקר דברי הבא"ח תמוהים, כיון שגם אם נימא שיש מצוה מדאורייתא לקיים את המצוה גם בחיסרון שיעור, עדיין כ"ז היכן שהדבר תלוי בשיעור, וכמו באכילת חצי כזית מצה וכיו"ב, אך בספירת העומר - אין דין 'תמימות' שיעור בקיום המצוה, ששיעור וגודל החובה לספור את העומר הוא מ"ט יום, אלא שגוף המצוה היא לספור שבע שבועות תמימות, ולא שייך בזה חצי שיעור, וצ"ע.
עוד יש להעיר, שהרי גדר האיסור של חצי שיעור הוא שמתחיל לעבור עבירה, שכיון שיש ציווי לא לאכול כזית חזיר - הרי אכילת חצי כזית חזיר היא התחלת העבירה*, וא"כ הנידון בחצי מצוה היא האם הציווי דורש מהאדם להתחיל את קיום המצוה, שכמו שאי אפשר לעבור עבירה בלי לאכול חצי שיעור בתחילתה, ולכן אכילת חצ"ש היא כתחילת עבירה, כמו"כ גם אי אפשר לקיים מצות אכילה מצה בלי לאכול חצי שיעור מצה, וא"כ יש עליו ציווי לקיים מצות אכילת מצה ע"י שיתחיל את קיומה באמצעות חצי שיעור, אך לפי"ז כ"ז שייך רק היכן שיש אפשרות שיסיים את המצוה כולה, אך בספירת העומר - הרי כבר ודאי לא יקיים את המצוה בשלמותה, וא"כ לא שייך שיהיה מחויב לקיים חצי מצוה**.
*שהרי בשביל לעבור על האיסור צריך לאכול חצי כזית ועוד חצי כזית, וכאשר יאכל חצי כזית שני יהא החצי הראשון איסור למפרע, שהאיסור הוא על אכילת כזית, וא"כ נמצא שאכילת כזית מתחילה כבר בחצי כזית, ואף שאם לא יסיים את העבירה לא יהא חצי כזית הראשון תחילת עבירה, מ"מ כיון שבאכילת חצי הזית הראשון היה אפשר שימשיך לאכול עוד חצי כזית - מ"מ הרי בזה גופא היה מעשה אכילת חצי כזית הראשון כהתחלת עבירה, [ובאמת, היכן שאכילת חצי הזית הראשון מעיקרא לא יכולה להגיע לכלל איסור - אין איסור חצי שיעור, וכנודע מד' האחרונים באכילת חצי שיעור ברגע האחרון של יו"כ], ובזה נחלקו ר"י ור"ל, אם דנים שכיון שאם היה גומר היה זה התחלת איסור הרי"ז כבר כעת כהתחלת איסור, או שכל עוד ולא נגמר האיסור הרי"ז בכלל אכילת היתר, ואזלו לטעמייהו בפלו' בחולין כט ע"ב אם ישנה לשחיטה מתחילה וע"ס, ואכ"מ.
**כלומר, שהחיוב על חצי מצוה אינו חיוב חדש, דהא מנא לן שיהיה חייב לקיים חצי מצוה, אלא שמחויב לקיים את המצוה כולה, רק שכחלק מחיובו לקיים את המצוה כולה נדרש גם להתחיל את המצוה ע"י חצי שיעור, אך היכן שכבר ודאי אינו מחויב במצוה לכאו' ל"ש שיהיה חייב לקיים חצי מצוה, וצ"ע.