וכן בספר ראשית חכמה שער התשובה:
"והיה אומר מורי ע"ה שלענין זה תקנו בוידוי ואתה צדיק על כל הבא עלי כי אמת עשית ואני הרשעתי, והכונה כי בהתוודות על עונו מטהר המדות העליונות ומוריד החשך והפגם שהוא הדין עליו, וזהו ואתה צדיק על כל הבא עלי, והבא - רצה לומר מה שבא ומה שיבא. כי אמת עשית, פירוש בהשפעת הדין שיבא, מדת אמת נתקנת והוא הרשיע וראוי הוא לכך".
והעיקר הוא הווידוי והחשבון נפש.
ע"פ יסוד זה ביאר הרב אליעזר רפאל ברוידא את המעשה ברבי, שנענש בשלוש עשרה שנות יסורים קשים שהתלבשו בגופו ככאבי תופת בשיניו. וכך מספרת הגמרא (בבא מציעא פה, ע"א): "דההוא עגלא דהוו קא ממטו ליה לשחיטה, אזל תליא לרישיה בכנפיה דרבי, וקא בכי. אמר ליה: זיל, לכך נוצרת. אמרי: הואיל ולא קא מרחם – ליתו עליה יסורין. ועל ידי מעשה הלכו – יומא חד הוה קא כנשא אמתיה דרבי ביתא, הוה שדיא בני כרכושתא וקא כנשא להו, אמר לה: שבקינהו, כתיב (תהלים קמה): ורחמיו על כל מעשיו. אמרו: הואיל ומרחם – נרחם עליה".
פירוש המעשה שהיה עם רבי: הביאו עגל אחד לשחיטה, וברח והחביא את ראשו תחת לכנף מעילו של רבי. רבי אמר לעגל: "לך תישחט כי לכך נוצרת". אמרו בשמים: "הואיל והוא מנהיג הדור, הוא צריך לרחם על הבריות. היות ואינו מרחם, לא נרחם עליו וניתן לו יסורים!". כך סבל רבי במשך שלוש עשרה שנים עם כאבים שהיו הורגים מישהו מדורינו תוך יום אחד. בסוף, אחת מעוזרות הבית של רבי מצאה ואספה עכברים קטנים שזה עתה הושרצו, כאשר כוונתה היתה להשמיד אותם. רבי אמר לה לרחם עליהם ולהניח להם, שנאמר "ורחמיו על כל מעשיו". משמים הכריזו, "היות ורבי מרחם על העכברים, נרחם עליו", ובין רגע נסתלקו היסורים! אומרת הגמרא שם, על ידי מעשה באו ועל ידי מעשה הסתלקו.
לכאורה קשה – רבי היה נשיא ישראל וגדול הדור. אנטונינוס קיסר רומי עם, מלכים, שרים, וכל גדולי ישראל היו מבקרים בביתו. בודאי אין זו לפי כבודו של נשיא ישראל שעכברים יתרוצצו בתוך ביתו, אלא בודאי טמון יסוד עצום בגמרא הנ"ל.
לא בחינם נשלחו עכברים לביתו של רבי. בטוח שרבי שאל את עצמו: "מה הקב"ה בא ללמד אותי על ידי העכברים האלה?" אז, בודאי נזכר בשירתם של העכברים (ראה פרק שירה, פרק ששי): "עכבר אומר: ואתה צדיק על כל הבא עלי כי אמת עשית ואני הרשעתי" (ראה נחמיה ט, לג). באותו רגע, הבין רבי שאין יסורים בלא עוון (ראה שבת נה, ע"א) והבין שעל פי מדרגתו – כצדיק הדור וכנשיא בישראל – הוא היה צריך לרחם על העגל.
ועתה, כעבור י"ג שנות יסורים קשים, ברגע שראה את העכברים ונזכר בשירה שלהם, בודאי נזכר להצדיק על עצמו את הדין. והנה לפלא, איך שהצדיק את הדין, נסתלקו היסורים כמו שבאו, תיכף וללא שהייה מיותרת של רגע. מכאן, אם לא טעיתי בעניי, הצדקת הדין היא המתקת הדין.