אני מתכוון לגאונות בלומדות, שגם את זה אפשר לראות בליקוטי שיחות שהזכרת, בביאוריו לרש"י ועוד, אבל יש ספרים רבים ממנו שיש בהם לומדות - ראה התכתבויותיו עם גדולי ישראל שנדפסו בשו"ת בפני עצמו ונקרא מנחם משיב נפשי, וגם
בסדרת הספרים מה"רשימות" שרשם לעצמו.
וגאונות אינה נמדדת בגודל החיבור (שגם בזה איני יודע אם כתב פחות מהחזו"א כי יש ממנו
מאות ספרים) אלא ניתן לראותה בדף אחד בלבד.
בימי ההילולה של אביו, של אימו ושל אדמו"רי חב"ד היה עורך הדרן, סיום מסכת על אחת המסכתות בש"ס. לעיתים היה הדרן על כל הש"ס. ההדרנים של הרבי היו אורכים לפעמים כמה התוועדויות ברציפות. סך ההדרנים של הרבי הוא 174 הדרנים. 18 מהם על כל הש"ס. גם שם אפשר למצוא גאונות, תירוצים המקשרים כחוט השני בין כל סוגיות הש"ס.
כמו כן גדולים רבים שנפגשו עמו תיארו לאחר מכן את גאונותו העצומה בכל תחום אפשרי. הגר"מ אליהו אמר: "הגאונות של הרבי היא נוראה ומדהימה. על קדושתו של הרבי בכלל אין מילים.
אדם גדול שהוא בקי וגם עמקן, זהו משהו נדיר. אבל לא רק זה, אדם כמוהו שבקי בש"ס ובפוסקים, בקבלה, מהזוהר והאר"י עד אחרוני האחרונים, ובקי בהם לא מקופיא אלא ממש לעומקם של דברים, זה נדיר זה רק כוח עילאי! כל זה מוכיח שזה לא טבעי, נשמה קדושה מיוחדת. הרגשתי בו נשמה קדושה מיוחדת, נשמה לא פרטית אלא נשמה כללית של כלל ישראל".