ואמנם בס' בן יוחאי כתב ע''פ דברי הגמ' (שבת לג:) "דמעיקרא כי הוה מקשה ר''ש בן יוחאי קושיא הוה מפרק ליה רבי פנחס בן יאיר תריסר פירוקי, לסוף כי הוה מקשי ר''פ בן יאיר קושיא הוה מפרק ליה רשב''י עשרין וארבע פירוקי". מבואר בגמרא זו שלאחר צאתו מן המערה גדל כחו של רשב''י בתורה עשר ידות מכפי שהיה מקודם לכן. וע''פ זה ייסד, שכל זה שאנו רואים שאין הלכה כר''ש מחבריו, היינו קודם היותו במערה י''ג שנה, אבל לאחר מכן רם ונשא מאד במעלות החכמה, וכל החכמים קבלו דעתו.
וע''ש שנתן בזה סימן שבכל מקום בש''ס שהובא מימרא משמיה דרבי שמעון בן יוחאי הלכה כמותו, והיינו משום דאמרה אחר היותו במערה. ואילו כשמוזכר כרבי שמעון בלבד בלי "בן יוחאי" אין הלכה כמותו, משום דהוי קודם צאתו מן המערה, וחרז שם מכל הש''ס בבלי וירושלמי להוכיח ענין זה, ע''ש וע''פ זה יוצא שהלכה כהזוה''ק בכל מקום, ואע''פ שאין דברי הש''ס מסכימין לזה.