כוונתו על אחיו הרב דוד יוסף. הן בנושא הבמבה, בנפח, ועוד. הוא גם אומר שלמרן לא היה חברותא וכל מי שאומר לכם שהוא היה חברותא של מרן אל תאמינו לו. והגר"ד יוסף באזכרה על אחיו הגאון חכם יעקב ע"ה אמר. "שיש כאלה אומרים שלמרן לא היה חברותא, אל תקשיבו להם. למרן היה חברותא. חכם יעקב היה לומד איתו כל לילה שעה בטלפון כשהיה בחור בקול תורה. ואני ג"כ שגדלתי למדתי איתו רבות".
וכן על הגר"מ לוי זצוק"ל אומר הגר"י יוסף שאביו אמר לו ש"למה לרב משה יש סברות עקומות (ח"ו), כי היה לומד בלי חברותא". וכל הדברים האלו הם דברים שאינם. כי הרי מרן ע"ה היה לומד רוב תורתו וספריו, ללא חברותא כלל!!! ובאיזה עניינים היה מתייעץ עם הרב שאלתיאל עמאר, והרב ישראל מאיר יונה וכדו'. אבל עיקר תורתו הייתה לבד עם ספריו שהם כמו חברותא כמו שכתב ע"ז הרב בכמה מקומות. ואילו הגר"מ לוי היה לומד עם תלמידיו הגאונים כל יום את מה שהיה כותב. ואח"כ מעביר את זה שוב פעם לבעלי בתים.