זה קשה כי בשו"ע שם בביאור הגר"א מביא מקור מגמרא יומא לעיקר המושג של ברוך הוא וברוך שמו, א"כ בודאי מקור העניין טהור.
זה מה שמצאתי כעת בספר ברוך שאמר (עמ' קיד) לגר"מ אפשטיין זצ"ל, בעל התורה תמימה, ויתכן שהוא מקור השמועה הנ"ל.
וז"ל שם: ומצאתי לחובה לנפשי להזכיר לדור מה ששמעתי בענין זה מזקני ת"ח מדור הקודם דבר פלא. כי הנוהים אחר כת שבתי צבי שר"י קבעו בשעתם לומר בכל ברכות התפלה לאחר שאמר הש"ץ ברוך אתה ה', היו הם עונים ברוך הוא ברוך שמו, שעולה בגמטריא כמנין שבתי צבי תתי"ד. למען יהיה שמו להם לזכרון (לדראון עולם) .
ומפני זה כך שמעתי היו כמה גדולים וחכמים שמנעו עצמם מלענות הזכרת לשון זה למען לא יחרך רמיה צידו.
ובנוגע לדברי הטור בשם הרא"ש שהבאנו אגב ראוי להעיר כי הרא"ש ובנו בעל הטורים היו במאה הראשונה לאלף זה, כשלש מאות שנה טרם פרצה הכת הארורה ההיא. אפשר לומר כי נתקיים בהם לא יאונה לצדיק כל און (משלי כ"ב), כי הגימטריא הנזכרת עולה רק בלשון ברוך הוא ברוך שמו בלא וא"ו החיבור בשם ברוך השני, ונוסח הרא"ש בוא"ו החיבור, ובזה פקעה כונת הארורים ההם.
ומתבאר מזה שאמנם גם זמן ארוך קודם פרצת הכת כבר היה הנוהג לענות נוסח זה, אך הם חידשו שלא לומר וברוך שמו רק ברוך בלא וא"ו החבור, למען תתאים הגימטריא עם שם המדיח העז ההוא. וראוי להעיר את הרגילים לענות לשון ברכה זו כי ישתדלו לומר בוא"ו החבור וברוך שמו, ונצדק קודש. ואני מתפלא על כי לא בא זכר מכל ענין זה באחד מספרי חכמי הדורות הקודמים, ואולי מקום הניחו לי להעיר על עקירת שרש ענף אחד מאחד מעצי אשירה בכרם ישראל. עכ"ל.
ויש לציין עוד שבספר פאת שדך להגר"י משקלוב כתב שטעמו הנוסף של הגר"א שהוזכר בפעולת שכיר הוא על פי הזוהר.