הב"י לא מביא הרבה מחידושי הרשב"א והרמב"ן, דהיינו לא מביא הרבה ביחס לחשיבותם, ומביאם בדרך כלל מכלי שני, דהוא בדרך כלל המגיד משנה, ואפשר שלא היה לו את כל חיבוריהם אלא מקצתם.
לענ"ד (ואולי ראיתי כך באיזה'ו מקומן) הסיבה שמביאם מכלי שני אינה בגלל שלא ראם, אלא לומר שדבריהם הובאו גם במגיד משנה, ויש לזה משקל יותר גדול.
הב"י כמעט שאינו מביא מכלי ראשון מבה"ג ושאילתות ותשובות הגאונים אלא כמעט תמיד הוא מכלי שני ואף מכלי שלישי ורביעי, הגם שהב"י בחו"מ כתב "בדקתי בספר הלכות גדולות שאצלי", וביו"ד סי' רא סעיף מ, כתב בבדק הבית "אחר כך בא לידי הספר של השאילתות".
בענין הספרים שהגיעו למרן באמצע כתיבת הב"י - בקובץ המעיין כרך לד (גליון ב עמ' 27-28) כ' שהספרים: בה"ג
[1], שבלי הלקט (ונראה שהגיע לידו לפני בה"ג ור"י אלכסנדרני, דאותו הזכיר בהקדמתו), ר"י אלכסנדרני. ושאולי גם הזוהר הגיע אליו באמצע כתיבת הב"י ולכן לא הזכיר ממנו בהרבה מקומות. (אולם מהקדמת הב"י שכתב "ובקצת מקומות מאמרי הזוהר", נראה שבדווקא לא הזכירו בכל מקום אע"פ שהיה בידו. או דלא היה תח"י כל ספר הזוהר. ודוחק. ובעיקר הדבר אי ס"ל לב"י דהלכה כהזוהר עי' בב"י סי' כה ס"ה שכתב ע"ד האגור "ואיני יודע למה תמה על זה יותר מכמה דינים שמצינו שכתב רבי שמעון בן יוחאי בספר הזוהר היפך ממסקנא דתלמודא ואין הפוסקים כותבים אלא מסקנא דתלמודא וטעמא משום דאפילו אם היו יודעים דברי רבי שמעון בן יוחאי לא הוו חיישי להו במקום דפליג אתלמודא דידן
והמפרשים". וידידי בס' נתיבות חיים ח"ו סי' סו אות מא הביא מהגר"ח פלאג'י בס' חיים ביד מע' ב ריש אות מא שכתב ע"ד הרא"ש והמבי"ט שאילו היו רואים ד' הזוהר הדרי בהו. אלא די"ל דהתם הוא מח' בין הפוס' ואין גילוי בגמ', ולכן נקט כזוהר. ע"ש
[1]). וע"ש עוד בעמ' 29. ומדבריו (בעמ' 40) נראה שגם השאילתות הגיעו באמצע כתיבת חיבורו. [כמבואר בבדק הבית יו"ד (סי' רא סעי' מ) שכ' "אחר כך בא לידי הספר של השאילתות ובדקתי בו וכו'". וראה שגם בסי' א (ביו"ד מחודש ה/ב) הביא לד' השאילתות רק בבדק הבית]. (ולפי"ז לכאו' אפשר לפשוט את המח' האם כתב את כללי הגמ' קודם או אחרי הב"י, דמדהזכירו בכללי הגמ' [שער ה ר"פ א] ש"מ שכתבו אחרי הב"י, וכן מדהביא לדברי בה"ג בכללי הגמ' שם). ע"ש ראיותיו. וגם ספר הלכות נדה להרמב"ן הגיע אליו באמצע כתיבת הב"י, כמבואר בב"י בכ"ד, "אחר זמן באו לידי הלכות נדה להרמב"ן וכו'" (סי' קפט מחודש סוף ב/ב). ונראה שאף שו"ת הרד"ך הגיע אליו אחר תחילת כתיבת חיבור הב"י, שכן נדפס לראשונה בשנת רצ"ז, כ-15 שנה אחר תחילת כתיבת הב"י. (ולא מסתבר שהיה למרן בכת"י כיון שנדפס מעט שנים אחר פטירת הרד"ך ע"י חתנו). ויתכן שלכן נזכר רק בהקדמת הב"י לחו"מ. (אולם י"ל שלא נזכר בהקדמת או"ח כיון שבאו"ח ויו"ד נזכר פעמים בודדות, משא"כ בחו"מ שנזכר הרבה. וכמו שנראה הטעם שס' התרומות ושו"ת הריטב"א נזכרו רק בהקדמת חו"מ. ובלא"ה צ"ב למה חלק מהחיבורים שהזכיר בב"י כתב הב"י בהקדמה שעליהם מיוסד חיבורו, וחלק לא הזכיר בהקדמה). וראה בקובץ עץ חיים באבוב גליון לד (עמ' ת'ט הע' צד) רשימת עוד ספרים.
[1] וכן מוכח בב"י או"ח (סי' רעב ס"ה) שכ' הב"י "נראה שכתב כן מדתנן וכו'", והעיר האליה רבה (ס"ק ט) שבבה"ג מבואר שלמד כן ממק"א, וכ' שהב"י [והב"ח] לא ראו דבריו, ולכן נדחקו ליישבו.
[1] והרב ישראל סיתהון העירני בזה"ל: וראיתי להעיר מדבר מחודש שהראני ידי''נ ר' שאול יצחקי נר''ו בספר 'יוקח נא' להגאון ר' אברהם משאלוניקי ז''ל (או''ח סי' פט דף ד ע''ב) שכתב וז''ל, וכבר נודע נמי דיש מסורת בידן דמרן ז''ל כשראה בספר הזוהר, ההוא אמר דאם היה רואה ספר הזוהר קודם שיתחיל לחבר ספר הארוך בית יוסף היה פוסק בכל מקום כמ''ש הזוה''ק דמי יבא אחרי התנא רשב''י זי''ע. (עכ''ד מרן) אלא דלענ''ד נראה דאם היה עושה כך מרן, לא היינו מקבלים אנו בני ספרד כהוראותיו של מרן בכל אשר יאמר כי הוא זה, דאין רוב הציבור יכולים לעמוד על דברת חומרות לשונות הזוהר כנודע, עכ''ל.
כפי הנראה לא היה לב"י חידושי הרמב"ן והריטב"א על מסכת ע"ז וכן לא היה לו בדק הבית לרא"ה, וג' גדולים אלו נמשכים זה אחר זה בדבריהם, הריטב"א אחר הרא"ה והרא"ה אחר הרמב"ן, ועל כן בהרבה מקומות הב"י הכריע כדעת הרשב"א, ולפנינו נמצא בספרים אלו ששלושתם חולקים עליו, וציינתי הדבר בספר בכל אתר ואתר.
נראה שספר תורת הבית להרשב"א מרן מחשיבו כמעט כא' מעמודי הוראה, ולכן פוסק כמותו בכמה דוכתי אף נגד כמה מכלליו.